一、甲（住所：臺南市）主張，A 有限公司（以下稱 A 公司，主營業所：臺南市）對甲的 300 萬元 S 債權，已經因抵銷而消滅，要求 A 公司塗銷其在甲所有的 L 地（座落：高雄市苓雅區）上設定以擔保該 S 債權之抵押權登記，遭 A 公司否認及拒絕。甲遂以 A 公司為被告，向臺南地方法院起訴，請求確認該 A 公司的 S 債權不存在及塗銷該 300 萬元的抵押權登記。在第一次言詞辯論期日，甲及 A 公司的董事長乙（住所：臺南縣永康市）親自出庭為本案言詞辯論；當日，乙以 A 公司名義，特別委任律師丁為訴訟代理人。在 A 公司改由丙任董事長後，受訴法院如期進行原定的第二次言詞辯論期日，A 公司由乙代理出庭，甲親自出庭。言詞辯論終結後，受訴法院判決原告全部勝訴，並分別對原告甲及丁送達判決書正本。試問：本案所進行的程序，有無不合法之處？（25 分）